Meskipun sempat memiliki wakil, yaitu Siwalima FC, tim tersebut mengundurkan diri dari kompetisi.

Dengan demikian, Maluku tidak memiliki perwakilan di Liga 4 Nasional musim ini.

Provinsi Maluku Utara ini tidak menggelar kompetisi Liga 4 tingkat regional, sehingga tidak ada tim yang mewakili Maluku Utara di putaran nasional.

Tidak adanya penyelenggaraan kompetisi Liga 4 di tingkat provinsi menyebabkan Kepulauan Riau tidak memiliki wakil di ajang Liga 4 Nasional.

Provinsi Papua juga tidak menggelar kompetisi Liga 4 regional, sehingga tidak mengirimkan perwakilan ke putaran nasional.

Sementara itu, distribusi kuota tim untuk Liga 4 Nasional 2024/2025 menunjukkan dominasi beberapa provinsi besar.

Jawa Timur menjadi provinsi dengan jumlah wakil terbanyak, memperoleh delapan kuota.

Hal ini sejalan dengan banyaknya tim yang berpartisipasi dalam kompetisi regional di provinsi tersebut.