Format pertandingan serupa dengan babak sebelumnya, dengan dua tim teratas dari setiap grup melaju ke babak 16 besar. ​

Babak 16 Besar (10–15 Mei 2025): 16 tim dibagi menjadi 4 grup yang masing-masing terdiri dari 4 tim.

Juara dan runner-up dari setiap grup tidak hanya melaju ke babak 8 besar tetapi juga otomatis promosi ke Liga Nusantara musim berikutnya. ​

Babak 8 Besar (20–24 Mei 2025): 8 tim yang tersisa dibagi menjadi 2 grup, masing-masing berisi 4 tim.

Pemenang dari masing-masing grup akan melaju ke final. ​

Final (27 Mei 2025): Dua tim terbaik akan bertanding dalam satu pertandingan final untuk menentukan juara Liga 4 musim ini. ​

Dengan kata lain, delapan tim terbaik yang mencapai babak 8 besar dalam Liga 4 musim 2024/2025 akan mendapatkan promosi ke Liga Nusantara musim berikutnya. ​

Babak 64 Besar: 21–26 April 2025​

Babak 32 Besar: 29 April–4 Mei 2025​