Septian Bagaskara memulai karier profesionalnya bersama Persedikab Kediri pada tahun 2016.

Pada tahun 2017, Septian Bagaskara bergabung dengan Persik Kediri dan berperan penting dalam keberhasilan tim menjuarai Liga 3 pada 2018 serta Liga 2 pada 2019, yang membawa Persik promosi ke Liga 1.

Selama periode ini, Septian Bagaskara mencatatkan 56 penampilan dan mencetak 30 gol.

Pada tahun 2018, Septian Bagaskara dipinjamkan ke Persekat Tegal untuk mendapatkan lebih banyak pengalaman bermain, di mana ia tampil dalam 10 pertandingan dan mencetak 3 gol.

Septian Bagaskara kemudian bergabung dengan RANS Nusantara untuk musim 2022–2023.

Septian Bagaskara melakukan debut liga pada 23 Juli 2022 dalam pertandingan melawan PSIS Semarang.

Selama musim tersebut, Septian Bagaskara mencatatkan 31 penampilan dan mencetak 4 gol.