Kompetisi ini terdiri dari beberapa babak, dimulai dengan 16 grup berisi empat tim yang bertanding dalam format turnamen kandang.

Dua tim teratas dari setiap grup melaju ke babak 32 besar, yang kemudian dibagi lagi ke dalam 8 grup.

Proses ini berlanjut hingga babak final, yang dijadwalkan pada 27 Mei 2025.​

Delapan tim yang berhasil mencapai babak keempat (8 besar) Liga 4 Indonesia putaran nasional 2024/2025 akan mendapatkan promosi ke Liga Nusantara musim 2025–2026.

Dengan jumlah wakil yang cukup banyak di putaran nasional, Jawa Timur berharap dapat terus mempertahankan dominasinya dan berkontribusi pada kemajuan sepak bola nasional.

Kompetisi yang ketat ini semakin membuktikan bahwa daerah ini memiliki kualitas tim yang mampu bersaing di tingkat nasional, sekaligus membawa nama baik Jawa Timur di dunia sepak bola Indonesia. (fun/shi)